HFR und Herder-Institut haben zur Zeit des Forschungsverbundes zwei Periodika (darunter die „Zeitschrift für Ostforschung“, 1995 in „Zeitschrift für Ostmitteleuropa-Forschung“ umbenannt) und bis zu acht Buchreihen (ohne die Publikationen der Historischen Kommissionen) herausgebracht. Sie sind sämtlich bei der Trennung von 1993/94 an das Herder-Institut e.V. übergegangen. Mit dem Jahr 2003 beginnt der HFR die Herausgabe einer neuen eigenen Reihe „Völker, Staaten und Kulturen im östlichen Mitteleuropa“ im Oldenbourg Verlag, München.
Band 1: Wanderungen und Kulturaustausch im östlichen Mitteleuropa. Forschungen zum ausgehenden Mittelalter und zur jüngeren Neuzeit. Hrsg. von Hans-Werner Rautenberg. München 2006, 368 S., 12 schwarz-weiße Abbildungen, 6 Karten. ISBN 978-3-486-57838-6.
Band 2: Reiche und Territorien in Ostmitteleuropa. Historische Beziehungen und politische Herrschaftslegitimation. Hrsg. von Dietmar Willoweit und Hans Lemberg. München 2006, 449 S., 5 Karten. ISBN 978-3-486-57839-3.
Band 3: Universitäten im östlichen Mitteleuropa. Zwischen Kirche, Staat und Nation – Sozialgeschichte und politische Entwicklungen. Hrsg. von Peter Wörster. München 2008, 309 S., ISBN 978-3-486-58494-3.
Band 4: Thomas M. Bohn (Hrsg.): Von der „europäischen Stadt“ zur „sozialistischen Stadt“ und zurück? Urbane Transformationen im östlichen Europa des 20. Jahrhunderts. Vorträge der gemeinsamen Tagung des Collegium Carolinum und des Johann Gottfried Herder-Forschungsrats in Bad Wiessee vom 23. bis 26. November 2006. München: R. Oldenbourg Verlag 2009, 447 S., zahlreiche schwarz-weiße Abbildungen (= Bad Wiesseer Tagungen des Collegium Carolinum 29; zugleich: Völker, Staaten und Kulturen in Ostmitteleuropa 4). ISBN 978-3-486-58956-6.
geplant: Klaus Roth, Martin Schulze Wessel (Hg.): Zivilgesellschaft im östlichen und südöstlichen Europa in Geschichte und Gegenwart.
Siehe auch Publikationen der sechs Fachkommissionen.